يدرس الطالب في هذا المستوى ما يؤسس به عقيدته، وينمي فيه حب شعائر الإيمان، عبر دراسة عدة مواد دراسية صممت من قبل فريق إعداد المناهج في أكاديمية هوية الجيل لتناسب الفئة العمرية المستهدفة، حيث يدرس الطالب فيها المواد التالية:

فإذا أخذ الطالب أساسات العقيدة، وسُقي من منبع الوحيين، فتعرف على أحكام الصلاة، وسنن الوضوء وواجباته، شرع في تقوية جذور الإيمان في المستوى الدراسي الثاني، آخذا طريقه في التعرف على سيرة المصطفى صلى الله عليه وسلم والاقتداء بهديه واقتفاء أثره، ليمر على المواد الدراسية التالية

بعد أن تعرّف الطالب في المراحل السابقة على ربه وذاق حلاوة القرب، يَنتقل هنا إلى مرحلة تثبيت العلم واليقين.

نُعالِج في هذا المستوى ضعف القلب عن طريق نهجٍ عملي في العبادة والأخلاق، ونهذّب السلوك بآداب الإسلام اليومية، حتى يصير فعل الطاعة عادةً وليست لحظة عابرة.
وسيدرس في هذا المستوى: 

ويستمر العطاء وسقاء الروح والإيمان، حتى تصبح حياته مبنية على حب الرحمن، فهنا نأخذ بيد الطالب لنمر معه على سير الصحابة الكرام والأئمة العظام لنقف على أيامهم ونتعلم من أخبارهم ما نقوي به عقيدة أبنائنا ويزيدهم قربا من الله، وتشمل هذه المرحلة الكتب الدراسية التالية:

فإذا أتم المستويات الخمسة الأولى وظهرت ثمار هذا العلم الذي كان يطالع ويدرس خلال رحلته في أكاديمية هوية الجيل، أتى ليزداد بصيرة، ويضاء دربه بدراسة أمور عقيدته تفصيلا وببيانا ليمر في هذا المستوى بالمواد الدراسية التالية:

وفي آخر محطات رحلة الطالب في برنامج بذور، وبعد أن أخذ من كل علم بطرف، وبنى فيها أساسات يستصحبها في رحلة طلب العلم التي ستلازمه في هذه الحياة، يأتي هذا المستوى ليكون موجهًا له لما هو قادم، فيدرس في هذا المستوى المواد التالية: